En sectores del AMEN y Caño Cristales, se encuentran grandes formaciones geológicas formando paisajes fisiográficos que exhiben rocas (dando la impresión de ser acomodadas a propósito) con características geomorfológicas, cuyas edades varían desde el precámbrico (proterozoico medio) hasta depósitos recientes fechadas en cerca de 350 años AP. Se creen que fueron formaciones acumuladas por los ríos que corrían hacia el occidente, antes del levantamiento de la cordillera oriental. Esta sedimentación sigue siendo muy activa en los valles de los ríos que bañan la región como el río Guayabero.

En esta región aflora una formación del precámbrico que corresponde al precámbrico Sierra de La Macarena (también se presentan en la vertiente de la cordillera oriental en la zona del PNN Picachos). La única descripción de las rocas se trata de esquistos micáceos y feldespato alcalinos, anfibolitas y de inyección; existiendo todo tipo de rocas intermedias entre estas.

Correspondientes al AMEN, también se relacionan rocas del paleozoico (correspondientes al grupo Güejar formación Araracuara y a la Sienita Nefalítica de San José del Guaviare y en ciertos lugares a rocas del cretácico. Son fácilmente distinguibles por sus características litológicas. Es muy típica la composición de rocas ígneas; cuarzo-feldespática y la presencia de fenocristales de microlina, a lo que alude su nombre la maravillosa cascada de los cuarzos en Caño Cristales.

En el AMEN aflora dos formaciones correspondientes a formación unen (área del piedemonte y la cordillera andina, sedimentos más antiguos del cretáceo; en la Orinoquia y amazonia colombiana). Se encuentra unidades incompletas a causa de los movimientos y efectos tectónicos. La formación Guadalupe circundo en parte del paleozoico de La Macarena y cuenca alta del río Ariari, conformando un paisaje de montaña con pendientes altas valles profundos con procesos leves de erosión, se aprecian drenajes subparalelos y subdentriticos con fuerte control estructural, texturas lisas y geoformas abruptas, cuarzo-arenitas de grano fino a conglomeraticas, consolidadas y homogéneas con bioturbación (alteraciones producidas en el sedimento por actividades de los seres vivos).

La formación del Terciario Guayabero -Tp; en el sector norte y sur de la Sierra de La Macarena al oriente de Angosturas I, sobre el río Guayabero, con formaciones similares a la formación Lozada y formación Serranía; en segmentos de cuarzo-arenitas y arenitas conglomeradas bien segmentadas y con estratificación cruzada, en algunas localizaciones se presentan impregnadas de petróleo, con un nivel de lodolitas lisaceas y arenosas.

En la formación Serranía se describen arcillolitas y arenitas grises, también cuarzo-arenitas, en donde es común encontrar nódulos azufrosos, pirita y materia orgánica, ubicadas con mayor exposición en caño Morrocoy, en la vereda Santa Teresa perteneciente al municipio de la Macarena.

Así las unidades del precámbrico afloran tan solo en unidades específicas de la Sierra de La Macarena, en donde la existencia de suelos crea un ambiente seco y rocoso, suelo característico sobre el cual crece un tipo de vegetación especial, con numerosas especies endémicas únicas como lo es La Macarenia Clavijera y la planta Velloussea Macarenense, por lo tanto, deben ser especialmente conservadas ya que su desaparición seria absoluta.

Alrededor y dentro de Caño Cristales generalmente existen formaciones rocosas lisas, húmedas y cubiertas de lama, por lo que es recomendable tener precaución y utilizar zapatos de agarre, antideslizantes durante los recorridos en esta área.